本书是关于蛋白质结构生物信息学，以及它如何帮助理解和预测蛋白质功能。它涵盖了基于结构的方法，这些方法可以根据整体褶皱、蛋白质表面的特征、小型三维图案的出现、蛋白质与蛋白质的相互作用以及动态特性来分配和解释蛋白质的功能。这类方法有助于从新的实验结构中提取最大的价值，但通常可以应用于蛋白质模型。因此，该书还全面涵盖了预测或推断蛋白质结构的方法，涵盖了从球状蛋白和它们的膜驻留对应物到淀粉样结构和内在无序蛋白的所有结构类别。

本书分为两大部分，第一部分涉及生成或推断蛋白质结构的方法，第二部分涉及基于结构的功能注释。每一章都是由该领域的世界专家撰写。第一部分涵盖了从传统的同源模型和折叠识别到基于片段的自发方法，并包括第二版中新增加的一章，即利用进化协方差进行结构预测。膜蛋白和内在无序蛋白各有一章，而两个新的章节涉及淀粉样结构和预测蛋白-蛋白相互作用模式的方法。第二部分包括涉及蛋白质褶皱内功能多样性的章节，以及根据表面特性和重复出现的主题分配功能的方法。其他章节包括蛋白质动力学在蛋白质功能中的关键作用以及使用自动服务器进行功能推断。本书最后有两章涉及结构预测的案例研究，分别基于晶体结构和蛋白质模型，提供了前面提到的方法在现实世界中使用的大量例子。

本书以研究生和学术研究人员为对象。最明显的是蛋白质生物信息学家和结构生物学家感兴趣，但也应作为生物学家的指南，强调结构生物信息学可以提供他们感兴趣的蛋白质的见解。